مدتها بود که آیت الله کاظمی بروجردی به دلایل اختلافات فکری با پاره ای از مسائل بنیادی نظام جمهوری اسلامی ، تحت مراقبت ماموران امنیتی بود و در نتیجه ی ایجاد انواع و اقسام محدودیت ها برای ترویج افکار او، به عنوان مرجع تقلید ، تجمعاتی در اطراف منزل او شکل گرفت که یکی از این تجمعات که در 16 مهر 1385 اتفاق افتاد ،  با دخالت نیروهای ناشناس لباس شخصی ، که شعارهایی چون " مرگ بر ضد ولایت فقیه " (خطاب به او و طرفدارانش) سر می دادند ، به درگیری این نیروها با طرفداران مذهبی آیت الله بروجردی انجامید . تجمع کنندگان دلیل حضور خود را اعتراض به دستگیری تعدادی از حامیان  این مرجع تقلید اعلام کردند . محوریت اختلاف بر سر اعلام انزجار از "دین سیاسی" و بازگشت به "دین سنتی" بود .
     اینک ، پس از کشمکش های فراوان ، حکم اولیه ی آیت الله کاظمی بروجردی در دادگاهی غیر علنی ، بعد از تفهیم اتهام ، به ایشان و بیش از 80 تن از طرفدارانش ، اعلام شد . آیت الله کاظمی بروجردی و 17 نفر دیگر از متهمین محکوم به اعدام شدند .
    پاره ای از اتهامات وارد به ایشان عبارتند از :
   

     1. محاربه و اقدام عليه امنيت ملي     2. برگزاري سخنراني و تحريك افكار عمومي بر عليه نظام     3. نامشروع خواندن "ولايت فقيه"     4. نايب وزارت اطلاعات ناميدن فقها و مراجع تقليد     5.متهم كردن بنيانگزار و رهبر انقلاب به بدعت‌گزاري در دين و دروغگوئي     6. ارتباط با چهره‌هاي شاخص ضدانقلاب و جاسوسي از اوضاع داخلي كشور براي آنها      7. متهم كردن مسئولين بلندپايه در كوتاهي نسبت به حقوق و مطالبات مردم     8. استفاده از واژه‌ي "ديكتاتوري ديني" به جاي "جمهوري اسلامي" در مصاحبه با راديو و تلويزيونهاي خارجي     9. ساختن دين جديدي به نام "دين سنتي"     10. سوء استفاده از لباس روحانيت، استفاده از سلاح سرد در روياروئي با مامورين قضائي و نيروهاي انتظامي .

    دراینجا لازم می دانم نکاتی را ذکر کنم . در ابتدا باید برای خود همچنان متاسف باشیم که تَوهُماتی مانند "انرژی هسته ای" حق ما باشد ، اما ذره ای آزادی بیان ، حتی از سوی شخصی که مدتهای مدیدی مُهر شایستگی برای تقلید دینی را بر پیشانی داشت ، کفر محسوب شود و در تجسمی از نهایت نفرت ، حکم مجازات او ، حکم بی تردید اعدام باشد . از سوی دیگر ، اگر لباس تحجر خویشان خود را ، برای لحظه ای بر تن کنیم و حکم قاطع اعدام را شایسته ی چنین شخصی بدانیم ، آیا نباید از خود پرسید ؛ پس تکلیف همه ی آنانی که در جزئی ترین مسائل زندگی خود ، پای چنین مرجع تقلیدی را که اینک در یک کلام ، او را " بد " و یا " از خدا رانده شده " می خوانیم ، چیست ؟! و اینکه ؛ آنان که همچنان در مقام بلند پایه ی مرجعیت تقلید هستند و نامشان را به نیکی یاد می کنیم ، به کدامین تضمین ، در شایستگی خود پایدار خواهند بود؟!
    اما قبل از آنکه بخواهیم به سوال هایمان در لباس به عاریت گرفته ی تحجر ، پاسخی در خور دهیم ، آیا باید حکم اعدام را به سبب ریشه کن کردن کلیه ی کسانی که چنین می اندیشند بدانیم و یا حربه ای برای به خوف کشیدن هر آن کس که به  چنین اندیشه ای خطر می کند ؟ اگر به قصد ریشه بر کندن ، حکم اعدام سر دهیم ، در خیالیم اگر امروز و فردا را سر انجامی برای چنین احکامی بدانیم (که وجود مخالف هر عقیده ای غیر قابل انکار و از قوانین زندگیست .)  و اگر نه ، در کدام ساختار حکومتی ، برای درد انتقاد و عدم مقبولیت ، ترس و وحشت  تجویز می کنند ، جز نظام های دیکتاتوری ؟!   شاید این ها همان دغدغه های کسی باشد که "دین سنتی" را بر "دین سیاسی"  ترجیح می داد و اینک به مرگ محکوم است .